Approches phylogénétiques et systèmes complexes

Orateurs :

• Jean-Philippe Cointet (INRA SENS / CREA, Paris)
• Vincent Daubin (LBBE, Université Lyon 1, Lyon)
• Robin Ryder (CEREMADE, Université Paris Dauphine, Paris)

Programme :

Résumés

Analyse morphologique des transformations sociales et sémantiques dans les communautés de savoirs
Jean-Philippe Cointet
L’analyse de grands corpus textuels ouvre la voie à une caractérisation très fine des dynamiques de productions de connaissances dans un grand nombre de systèmes sociaux. Les paysages sémantiques ainsi cartographiés nous informent sur la conformation que prennent ces contenus en fonction de « champs » structurants mais aussi sur l’articulation existant entre ces champs. L’analyse longitudinale des corpus permet également d’analyser comment ces paysages peuvent se déformer, sous l’effet de changement de cadrage ou de perturbations. Ces transformations peuvent à nouveau être modélisées sous la forme de réseaux phylogénétiques dont les motifs peuvent signaler différents régimes de production de connaissance. Enfin, une « représentation tubulaire » est proposée pour cartographier de façon unifiée les paysages et leur transformation.

Phylogénies de gènes et histoire des espèces: à la recherche de l’arbre que cache la forêt
Vincent Daubin
Chacun des gènes qui composent un génome a une histoire qui lui est propre. Les mécanismes qui expliquent ces différences peuvent être modélisés afin de reconstruire les événements qui, au niveau moléculaire, ont émaillé l’histoire des organismes… à condition de connaître cette histoire des espèces.
Pour révéler l’arbre du vivant dissimulé dans cette forêt d’arbre de gènes, il faut pouvoir prendre en compte l’ensemble des gènes des génomes, et toute la complexité de leurs relations. Je présenterai plusieurs modèles qui permettent de reconstruire l’histoire de chacun des gènes d’un génome et (plus ou moins) simultanément l’histoire des espèces. On verra que certains de ces modèles mettent à jour des données insoupçonnées sur l’age relatif des lignées du vivant.

Modèles phylogénétiques de la diversification des langues
Robin Ryder
La diversification des langues est un processus aléatoire semblable en bien des points à l’évolution biologique. On modélisera la diversification des données lexicales, et plus spécifiquement du vocabulaire dit « de base », par un processus stochastique sur un arbre phylogénétique. On se concentra sur la famille des langues Indo-Européennes. L’âge du dernier ancêtre commun de ces langues est sujet à controverse et les problèmes de datation de langues anciennes sont donc particulièrement intéressants. On estimera la topologie de l’arbre phylogénétique, l’âge des langues ancestrales et les paramètres du modèle à l’aide de méthodes MCMC. Le modèle présenté incorpore plusieurs aspects spécifiques à la diversification des langues, tels l’hétérogénéité des taux de diversification ou le processus d’observation des données, et on montrera que les phénomènes d’emprunt de mots ne biaisent pas nos résultats. Enfin, on analysera deux jeux de données afin d’estimer l’âge du Proto-Indo-Européen. (Travail en collaboration avec Geoff Nicholls. Papier : http://dx.doi.org/10.1111/j.1467-9876.2010.00743.x)